Gunnar Merkert stammt aus einer Musikerfamilie. Das Klavierspielen erlernte er bei Friedemann Rieger. Ab 1978 lernte das Fagott spielen. Zuerst bei Günther Klüppel, Württembergische Philharmonie und Albrecht Holder, ehemals Solofagottist der Stuttgarter Philharmoniker, später Professor an der Musikschule Würzburg. Es folgte ein Studium der Orchestermusik an der Musikhochschule Mannheim bei Ulrich Freund.
Gunnar Merkert ist seit 1993 hauptberuflich als Musiklehrer tätig und seit 1995 Dirigent diverser Blasorchester.
Als Aushilfe wirkte er in der Württembergischen Philharmonie Reutlingen, der Sinfonietta Tübingen, Kammerorchester Metzingen und mehreren Kammerorchester mit.
Von 2013 – 2019 war er Mitglied im Sinfonischen Blasorchester Ulm.
Gunnar Merkert unterrichtet zur Zeit an den Musikschulen in Neckartailfingen, Metzingen und Bad Urach.
Von 2015 – 2018 absolvierte Gunnar Merkert ein Privatstudium bei Prof. Albrecht Holder, Professor an der Musikhochschule Würzburg